En este contexto crítico, un militar de treinta años que volvía de su periplo por Uruguay, Bolivia y Chile, Bartolomé Mitre, quiso hacerse portavoz de una ciudad y una provincia que no querían renunciar a su autonomía. En nombre de la "causa de la libertad", Mitre se presentaba como el joven héroe porteño. La presencia de Mitre reflejaba el renacimiento de la vida política porteña, ausente durante los últimos veinte años de dominación rosista. La guerra entre Urquiza y los hombres de Buenos Aires estaba declarada a partir de los acalorados sucesos de junio. Volvían a reflotar los temores e inquinas entre porteños y provincianos, larvados pero no desaparecidos durante la etapa rosista.
    Si bien su gobierno no fue opresivo, los actos del gobierno personal de Urquiza provocaban la enemistad entre las complejas facciones políticas de Buenos Aires. A principios de agosto convocó a elecciones en la provincia para elegir a dos diputados que debían representar a Buenos Aires en el Congreso Constituyente. Los candidatos, indicados por Urquiza, eran Salvador María del Carril y Eduardo Lahitte. Otras medidas de este gobierno fueron la devolución de los bienes de Rosas a su abogado; la suscripción de dos tratados, uno de navegación y límites con Paraguay, y otro de comercio y navegación con Portugal; y la fijación de normas para el tráfico de ganado y su venta en la provincia, y de tarifas aduaneras (1).
    Dos decretos dictados por Urquiza el 28 y 31 de agosto de 1852 incentivaron aún más la disidencia porteña. Por el primero, se abrían los ríos interiores. Además de la aduana de ultramar ya existente en Buenos Aires, se crearon otras de registros en Martín García, y las de Corrientes, Paraná, Concepción del Uruguay y Rosario, villa esta última declarada ciudad por impulso del propio Urquiza el 5 de agosto de dicho año. Por el decreto del 31, se suprimió un derecho diferencial del 25% que Buenos Aires cobraba desde marzo de 1836 a los efectos ultramarinos llegados de Montevideo por reembarco o transbordo (2).
    Creyendo que tenía el control de Buenos Aires y que ésta aceptaría su programa de organización nacional, el 3 de septiembre de 1852 Urquiza designó provisoriamente como gobernador de Buenos Aires al general José Miguel Galán, y el 8 abandonó la ciudad para la apertura de las sesiones del Congreso Constituyente en Santa Fe. En esas circunstancias, los elementos localistas porteños, dirigidos desde la Legislatura por Valentín Alsina, decidieron aprovechar la ausencia de Urquiza y sublevaron parte de las tropas urbanas. Pronto la ocupación entrerriano-correntina de Buenos Aires se hizo insostenible. El 11 de septiembre un exitoso alzamiento, conducido por Lorenzo Torres y alimentado por los opositores de junio e incluso militares del ejército de la Confederación que se pasaron al bando porteño en ausencia de Urquiza, echó por tierra los intentos del director provisorio de controlar la provincia. El 22 del mismo mes, la Legislatura porteña sancionó una ley -promulgada al día siguiente por el gobernador- que disponía el cese del otorgamiento de la conducción de las relaciones exteriores de la provincia a Urquiza; el compromiso de Buenos Aires "en sus relaciones con las potencias extranjeras" de observar las obligaciones de los tratados y del derecho internacional, y la comunicación de que "mientras no se constituya una autoridad nacional que represente a la República en el exterior", el tesoro provincial no pagaría ningún gasto de legación ante potencias extranjeras (3). El movimiento disidente, con apoyo popular en la ciudad, se afirmó también en la campaña, favorecido por la adhesión de algunos generales como José María Flores y Ramón Bustos, y por la desmoralización de las tropas de Galán que se habían retirado de Palermo al estallar la revuelta. El gobierno de Buenos Aires desafiaba abiertamente al de la Confederación tanto en términos de política interna como externa.
    Inmediatamente, los hombres de Buenos Aires encargaron a un viejo personaje del antirrosismo, el general José María Paz, la misión de explicar a las provincias los alcances del levantamiento del 11 de septiembre y obtener su adhesión. Partió Paz el 16 de octubre, pero no logró llevar a cabo su cometido pues las provincias de Santa Fe y Córdoba impidieron el paso del comisionado cordobés, portavoz de los intereses porteños. Las provincias apoyaban a Urquiza y la "revolución" de septiembre quedó circunscripta a Buenos Aires.
    Vale aclarar que el éxito de la secesión de Buenos Aires del 11 de septiembre no ocultaba sin embargo diferencias entre los distintos sectores de la ciudad y la campaña, más allá de su común resistencia a la autoridad del entrerriano Urquiza. Como aclara Halperín Donghi,

El partido de la Libertad que Bartolomé Mitre se esforzaba en definir a partir de junio de 1852 presentaba rasgos comunes con las experiencias en la misma dirección del resto de países hispanoamericanos iniciadas durante la década de 1840. Uno de dichos elementos comunes era el énfasis en el partido, antes que en el Estado o en el jefe, como depositario de la lealtad política de una colectividad. Otro era el esfuerzo por buscar un pasado para ese partido: tanto el liberalismo de México como el de Nueva Granada y Chile se piensan a sí mismos como renaciendo, como retoños de la breve experiencia liberal de la década de 1820, más postulada que real -por ejemplo el liberalismo chileno era en rigor el resultado de disensiones dentro del partido conservador-. En el caso de Buenos Aires, esa "invención" de una historia para el partido liberal que nacía, tenía una función primordial: otorgar a la ciudad y a la provincia un paso menos objetable que el cuarto de siglo de identificación con la experiencia rosista. Desde el primer momento, Mitre procuró canalizar estas necesidades porteñas (un pasado para su partido, un pasado libre de manchas para su provincia). En este contexto y en la necesidad de encontrar una figura clave en el pasado bonaerense, el retorno a Buenos Aires de los restos de Bernardino Rivadavia -vapuleado por la generación de 1837 y reivindicado a partir de este momento como el padre de la provincia y precursor de la unión nacional- implicaba que Buenos Aires se reconciliaba con su pasado.
    Al resucitar la figura de Rivadavia, se operaba en el partido liberal porteño una identificación entre la tradición unitaria y la causa de la libertad sostenida por la provincia a partir de junio de 1852. De esta identificación surgía una común percepción, por la cual Buenos Aires y sus conductores se veían a sí mismos como escuela y guía política de la nación entera. El corolario de esta autopercepción fue la firme identificación del partido de la Libertad con la causa del progreso, contra la "barbarie" expresada en los caudillos provinciales y en otras fuerzas políticas a las que el partido de la Libertad percibía como reflejos de una realidad caduca. Dicotomía claramente expresada por Domingo Faustino Sarmiento en su Facundo o Civilización y Barbarie (5). Por otra parte, esta proyección nacional que Mitre diseñaba para su partido marcaría la diferencia con el autonomismo de Alsina.
    La secesión de Buenos Aires y su autopercepción como conductora del resto de la Confederación acentuó los sentimientos antiporteños existentes en el pasado tanto en el federalismo del Litoral como en el del Interior, sentimientos adormecidos a medias bajo la sordina de una hegemonía de Buenos Aires impuesta por Rosas bajo signo federal.