Reunido el Congreso General y consciente de que no podía contar con parte alguna de las rentas provenientes de la aduana porteña, en febrero de 1853 autorizó al director provisorio Urquiza para que levantase un empréstito con garantía de las futuras entradas fiscales, hipotecando a su servicio tierras y propiedades de la Confederación. Con gran esfuerzo, y a través de la concesión de privilegios, el director provisorio obtuvo de don José de Buschenthal, en Montevideo, 225.000 pesos moneda metálica al 16% anual, contra entrega de títulos cuyos cupones serían admisibles en las aduanas de la Confederación por su valor nominal. Pero Urquiza deseaba controlar la aduana de Buenos Aires, base financiera de la rebeldía de aquella provincia. En pos de este objetivo, el director provisorio decidiría el bloqueo del puerto porteño en apoyo del sitio de Hilario Lagos.
    Evidentemente el gobierno porteño había acusado el fracaso que significaba la reunión de la Asamblea Constituyente en Santa Fe. Diez días después de instalado el Congreso Constituyente, es decir, el 1º de diciembre de 1852, el coronel Hilario Lagos se puso al frente de un movimiento contrarrevolucionario en Buenos Aires, sitiando la ciudad capital. Este movimiento contaba con el apoyo de importantes sectores de la campaña, los cuales, si bien habían respaldado el levantamiento del 11 de septiembre en lo tocante a la autonomía provincial, no deseaban un conflicto generalizado, y además aceptaban el Acuerdo de San Nicolás, reconocían la autoridad de Urquiza y pretendían que la provincia enviase sus diputados al Congreso Constituyente de Santa Fe.
    Urquiza decidió apoyar a Lagos en forma más eficaz. Para ello en enero de 1853 el Congreso Constituyente autorizó al director provisorio a hacer "cesar la guerra civil en la Provincia de Buenos Aires y obtenga el libre asentimiento de ésta al Pacto Nacional de 31 de mayo de 1852", lo cual no excluía el uso de la fuerza (1). No obstante, se decidió hacer un último esfuerzo negociador y enviar una comisión a Buenos Aires. El 9 de marzo esta comisión y la nombrada por el gobierno de Buenos Aires llegaron a un acuerdo y firmaron un tratado. Pero las condiciones estipuladas provocaron la negativa de Urquiza a ratificarlo y la decisión de dar más apoyo militar al sitio de Lagos mediante el bloqueo del puerto de Buenos Aires, misión que encomendó al norteamericano John Halsted Coe.
    Con todo, Lagos, quien dominaba la campaña de Buenos Aires, no pudo a través del sitio doblegar la voluntad del gobierno de la ciudad, pues los hombres de ésta contaban con los recursos del Banco de la Provincia, con los cuales sobornaron a Coe, el jefe de la escuadra bloqueadora, y a los oficiales subalternos que servían a Lagos. Así ocurrió que cuando la Constitución era promulgada por el director provisorio en San José de Flores el 25 de mayo de 1853, Buenos Aires y el resto de la Confederación estaban declarándose la guerra. El episodio de Lagos, aunque había permitido el alejamiento de Valentín Alsina del gobierno porteño y su reemplazo por el presidente de la Legislatura Pinto el 6 de diciembre de 1852, legalizó el divorcio entre Buenos Aires y el gobierno de la Confederación. El 13 de julio de 1853, con la intervención de los representantes extranjeros, Urquiza y las autoridades de Buenos Aires firmaron un documento por el cual se suspendían las hostilidades, se licenciaban todas las tropas y Urquiza comprometía su retiro y el de sus tropas hacia Entre Ríos, lo cual fue cumplido el mismo día.
    Por otra parte, Urquiza aprovechó las conversaciones con los enviados extranjeros en esos complicados días del 10 al 13 de julio para acordar y firmar convenios de navegación con los agentes de Gran Bretaña, Francia y Estados Unidos, que garantizaban la libre navegación de los ríos interiores argentinos al comercio extranjero. Según la opinión de James Scobie, su intención era obtener un instrumento jurídico que obligara a dichos gobiernos a proteger la libre navegación en el caso de que la provincia de Buenos Aires intentara cortar las comunicaciones de la Confederación con el exterior. En cambio, para José María Rosa, los tratados de libre navegación fueron una condición anexa a la mediación, impuesta por los representantes extranjeros. Como los mencionados ministros acompañaron a Urquiza en su trayecto en barco hasta Paraná, también se iniciaron tratativas para futuros acuerdos comerciales (2).