En la pugna con el Estado de Buenos Aires, las autoridades de la Confederación habían conseguido la apertura de los ríos interiores. No obstante, dicha apertura sólo a largo plazo perjudicaría al comercio porteño, pues no era posible improvisar de la noche a la mañana grandes plazas comerciales en Rosario y Gualeguaychú, los dos puertos importantes de la Confederación. El otro tema clave en la guerra económica desatada entre porteños y confederados, la "nacionalización" de la aduana controlada por Buenos Aires, era difícil de concretar pues esta última provincia no disponía de una fuente de recursos alternativa y no estaba dispuesta a renunciar a la fuente principal de su tranquilidad económica desde 1820. Descartada la opción militar luego del fracaso del bloqueo a Buenos Aires y del levantamiento del sitio de Lagos, Urquiza intentó buscar la negociación con las autoridades porteñas.
    Mientras tanto se ensayó la posibilidad de crear un banco emisor como el que tenía Buenos Aires. A tal efecto el Congreso Constituyente sancionó en diciembre de 1853 el Estatuto para la organización de la Hacienda y Crédito Público, y creó el Banco Nacional de la Confederación. La casa central del último y sus sucursales tenían la doble misión de recaudar los impuestos debidos al fisco y captar a la vez los ahorros de los particulares a través de intereses atractivamente altos. Se le autorizó una emisión de 6 millones de pesos: 2 millones para anticipos al gobierno, 2 para muelles, caminos, postas y diversos elementos de fomento, que activaran la economía al facilitar las comunicaciones y la producción, y los 2 millones restantes para giro bancario. Los préstamos a particulares se darían al 6%. Además de estas funciones, el Banco Nacional de la Confederación percibiría otros impuestos, con el objetivo de reforzar las finanzas públicas. Se cobraría contribución directa al 4 por mil sobre los inmuebles, limitándola momentáneamente al territorio de la Confederación, y sin perjuicio de extender su alcance geográfico a futuro. Para ello, existía la obligación de empadronamiento en las oficinas del banco. Lo propio ocurría en el caso de las minas, sujetas a canon y obligación de registro. Con o sin laboreo, pagaría cada una al fisco 20 pesos anuales bajo pena de extinguirse el derecho de sus propietarios (1).
    Pero, a diferencia del caso de Buenos Aires, estos intentos se verían abortados por la falta de confianza del público en los billetes emitidos por el banco, a pesar de que el gobierno confederado llegó a adoptar medidas extremas, tales como el arresto de comerciantes y el curso forzoso de los billetes, con la amenaza de imputar como enemigos del orden y traidores a la patria a los que rechazaran la moneda de la Confederación. Ya el 26 de julio de 1854 el gobierno de Urquiza reconoció su derrota, aunque sólo se habían emitido 1.678.000 de los 6.000.000 de pesos proyectados inicialmente. Incluso el interés del 6% de los préstamos bancarios resultó demasiado bajo y fue aprovechado por comerciantes inescrupulosos que compraron metálico a la espera de una prevista desvalorización. Finalmente se debió liquidar el Banco, sus casas matrices, y con ellos al mismo Estatuto que ya no tenía razon de ser. Esta medida dejó al gobierno de la Confederación sin banco, sin moneda nacional, y sin recursos financieros para sostenerse.
    Fracasado el Banco Nacional, fue necesario recurrir a prestamistas particulares. Por cierto, esto tuvo un altísimo costo para el gobierno de la Confederación, que agravaba su falta de recursos con compromisos provenientes de estos empréstitos particulares. Otra alternativa eran las aduanas provinciales. Pero la recaudación de éstas resultaba poco auspiciosa, si bien repuntó respecto de décadas anteriores gracias a la desviación del comercio de Inglaterra y Francia del mercado ruso hacia Sudamérica a causa de la guerra de Crimea. La recaudación total de la renta aduanera significó para el gobierno de la Confederación menos de 1.500.000 pesos fuertes (2).
    La efectividad de las aduanas provinciales se vio además seriamente restringida debido a la existencia de claras divergencias respecto de la aduana y su uso entre las provincias integrantes de la Confederación. Para Entre Ríos, Santa Fe, Corrientes y Córdoba -que exportaba cueros en cantidad- la aduana formaba un engranaje de sus respectivas políticas comerciales librecambistas. En cambio, para las nueve provincias restantes de la Confederación, la aduana resultaba una barrera contra el comercio libre de ultramar. Estas últimas provincias necesitaban tarifa alta para mercancías que Buenos Aires recibía con tarifa baja. Así, los derechos al vino se aproximaban al 80% y los de la harina al 50%. Además, como de algo debían vivir las autoridades provinciales, Urquiza hizo a un lado sus convicciones librecambistas y dio la espalda ante la presencia de algunos impuestos de entrada y salida mediterráneos, disfrazados de tasas al consumo o a la producción local (3). Si bien esta actitud tenía una clara orientación política destinada a cerrar las filas de los gobernadores de las provincias confederadas en torno al gobierno de Paraná, la presencia de estos grávamenes fue un factor que entorpeció la organización de nuevas corrientes mercantiles, inscripta en un proceso de modernización económica particularmente anhelado por Urquiza.