Una serie de factores internos e internacionales llevaron al sector vacuno a entrar durante la década de 1860 en una fase de decadencia, de la que saldría lentamente a partir de la adopción del frigorífico y de la mejora de las razas locales, cuya carne no se adaptaba al gusto británico. Entre dichos factores, vale citar la matanza total de 8.300.000 bovinos durante el quinquenio 1862-66, de los cuales los saladeros y consumidores internos apenas aprovecharon la carne del 40%, mientras que el 60% restante no fue utilizado. También incidieron los impuestos a la ganadería, la baja de cotizaciones en el sector ganadero debido a las tarifas aduaneras estadounidenses de 1867, que perjudicaron tanto a los productos saladeriles como a las exportaciones de lana hacia el mercado norteamericano, y la prohibición de la venta de tasajo como alimento por parte de Inglaterra (1864), dado las dudosas condiciones bromatológicas de este producto.
    A estos negativos factores para el sector vacuno, se sumó el lento descenso en los precios de sus productos derivados que afectó a los ganaderos porteños por su mayor dependencia del mercado europeo. La producción bonaerense, menos orientada hacia la órbita del saladero que la correntina y entrerriana, se encontró ante una difícil situación. El aprovechamiento del vacuno quedó entonces limitado a cueros, sebos y tasajo, productos que tenían un comportamiento poco flexible respecto de las oscilaciones de mercado, por lo cual no se justificaba una expansión en esos rubros. Por otra parte, si bien fue importante, el aumento del consumo interno no alcanzó a sustituir al sector externo.
    En este contexto de crisis del vacuno, la exportación de ganado en pie, destinada a saladeros de países vecinos, resultaba un limitado paliativo. Mientras Giberti sostiene que la guerra del Paraguay distraía recursos financieros y mano de obra del sector pecuario (1), algunos autores -entre ellos Francisco Latzina- señalan, sin embargo, que dicha guerra lejos de agravar la crisis del sector atenuó sus consecuencias, aunque este efecto no se percibiera en el caso del ovino. De este modo, Latzina sostiene que dicha guerra fue una fuente de prosperidad para la economía argentina:

Los proveedores del ejército brasilero hicieron grandes compras de ganado, de artículos alimenticios de toda especie, o aun de artículos manufacturados europeos, que, previa nacionalización en la Aduana de Buenos Aires, donde dejaron pingües derechos para el fisco, fueron exportados al Paraguay, de cabotaje. Estas considerables exportaciones no figuran en la estadística argentina, porque en aquellos tiempos no existía todavía la del cabotaje. Los raudales de oro brasilero que se incorporaron a los negocios argentinos, provocaron una fiebre de especulaciones en tierras y en todo género de valores ficticios, que, hacia fines de la presidencia de Sarmiento, terminaron en un krach formidable (2).

Por su parte, Juan Alvarez señala los mismos efectos benéficos de la guerra del Paraguay que Latzina, afirmando que "las tierras se valorizaban con el repunte de los precios a causa de la guerra, pues hubo cotizaciones hasta de diez pesos para los caballos y de seis reales por arroba de maíz" (3).
    De acuerdo con Chiaramonte, la producción de lana no se vio favorecida por este "efecto guerra del Paraguay" ya que era destinada casi en su totalidad hacia el mercado europeo. Pero este efecto sí se registró en el caso de los cueros, que representaban alrededor del 30% del total de las exportaciones. En este sector, luego de una caída iniciada a partir de 1862 y que llegó a su punto más bajo en 1865 (año en que empieza la guerra de la Triple Alianza), se produjo un continuo ascenso, interrumpido sólo en 1869, para luego continuar la curva ascendente. Incluso la curva del precio de los cueros no registró, a diferencia de la de la lana, la crisis de 1866 (o de 1867 para la Argentina). Vale observar al respecto la diferencia entre la tendencia alcista de los precios de exportación de los productos derivados del vacuno respecto del comportamiento contrario en el caso del ovino, registrada en el cuadro 1 anteriormente citado. Si tomamos en cuenta estos datos, podría sostenerse que la guerra contra Solano López atenuó -y no agravó- la crisis del sector vacuno (4).
    Más allá de los efectos de la guerra del Paraguay, los ganaderos, preocupados por el incierto panorama del sector vacuno, se agruparon para defender mejor sus intereses en la "Sociedad Rural Argentina", cuya acta constitutiva se firmó el 16 de agosto de 1866. Aquéllos buscaron alternativas para poder llevar a las mesas europeas la carne argentina cuya producción sobraba, pero hasta la aparición del frigorífico no encontrarían ninguna solución efectiva al problema. La mala calidad de la carne vacuna argentina, agravada por la imposibilidad de conservarla en buenas condiciones durante el prolongado viaje a Europa, eran factores que impedían su colocación en el mercado europeo.
    Por otro lado, la declinación de los precios del vacuno se aunó a los buenos precios del cereal para estimular en Buenos Aires la expansión de los cultivos, y en especial los de trigo y maíz. El primero, vinculado al crecimiento de la ciudad de Buenos Aires y al cambio en los patrones de consumo. El último, a la guerra del Paraguay, que demandó importantes cantidades de maíz para el abastecimiento del ejército. El cuadro de situación agrícologanadero de la provincia exhibía en la década de 1860 una situación cuyos rasgos pesarían en la evolución de ambos sectores en las décadas posteriores. Dichos rasgos eran cuatro: a) el desplazamiento del vacuno hacia el sur, posibilitado por el avance fronterizo y la apropiación de tierras nuevas por los ganaderos; b) la disponibilidad de tierras para el ovino y los cultivos en las zonas dejadas por el vacuno cercanas al puerto o mercado de consumo; c) el alambrado de los campos, que disminuyó los riesgos de pérdida de hacienda y plantaciones; y d) la aparición de zonas de invernada, fenómeno vinculado no sólo con los cambios en el sector pecuario sino también al aumento de consumo urbano. Este último factor resultará crucial en la emergencia de un nuevo sector social: los invernadores, actores intermediarios en la comercialización entre productores y consumidores. Los invernadores, a diferencia de los productores, no estaban afectados por los movimientos cíclicos en los precios de la hacienda y por el contrario lucraban con los fuertes desniveles estacionales. Esta circunstancia les otorgó el dominio del mercado, que se acentuó hacia fines de siglo XIX con la instalación del frigorífico.